El Colegio Santo Tomás de Villanueva es un centro educativo de ideario cristiano y agustiniano que, en planificación anual, integra los contenidos de formación religiosa adecuados a cada nivel. La oración diaria, la asignatura semanal de Religión Católica, la celebración de los tiempos litúrgicos y las celebraciones sacramentales a lo largo del curso forman parte del programa.
No obstante, además de la enseñanza religiosa escolar, la formación en la vida cristiana alcanza a otras muchas dimensiones en lo que denominamos pastoral con alumnos, pastoral con profesores y pastoral con familias. En este ámbito es donde se integra la oferta del itinerario cristiano y agustiniano de la fe, que parte de las catequesis de preparación para la Primera Comunión, las catequesis de Post-comunión, las catequesis de preparación para la Confirmación, las pre-comunidades de adolescentes, las comunidades de jóvenes y las comunidades de adultos.
Cada semana, los miércoles se dedican a la catequesis de Primera Comunión y los viernes a la catequesis de Confirmación y precomunidades de adolescentes. Por otro lado, los martes, miércoles, jueves, viernes y domingos se reúnen las diversas comunidades de jóvenes y adultos que forman parte del itinerario catecumenal agustino recoleto. A todo ello hay que añadir que los sábados por la tarde funciona el Club de Tiempo Libre Satovi en la Parroquia Santo Tomás de Villanueva.
Cada día, la comunidad religiosa del Colegio, compuesta por frailes agustinos recoletos, invita a todos aquellos miembros de la Comunidad Educativa que lo deseen, a unirse a la oración comunitaria de Laudes a partir de las 7:30 de la mañana.
En diversos momentos del año se celebran Eucaristías con motivo del inicio de curso, del final de curso, del inicio de los tiempos litúrgicos, en memoria de los difuntos, con motivo del aniversario de una promoción, en las festividades agustinianas, etc.
Durante los veranos la vida pastoral continúa con la organización de campamentos de niños y adolescentes, encuentros nacionales e internacionales de jóvenes, peregrinaciones a Santiago de Compostela, Tierra Santa, experiencias en misiones agustino recoletas, proyectos de voluntariado nacional e internacional, etc.
La estrecha vinculación del Colegio con la ONG Haren Alde hace que, anualmente, se promuevan diversos proyectos solidarios.
Por otro lado, la conexión entre el Colegio y la Parroquia Santo Tomás de Villanueva, permite que todos los domingos se celebre una Eucaristía a las 11:30 horas, especialmente destinada a niños, y a las 20:30 horas, especialmente destinada a jóvenes.
